水利部黄河水利委员会为水利部派出的流域管理机构，代表水利部在黄河流域和新疆、青海、甘肃、内蒙古内陆河区域内（以下简称流域内）依法行使水行政管理职责，承担黄河防汛抗旱总指挥部办事机构职责，为副部级。
办公室、规划计划局、政策法规局（水政监察局）、水资源管理局、财务局、人事局、国际合作与科技局、建设与运行管理局、河湖管理局、水土保持局（农村水利水电局）、监督局、水旱灾害防御局、审计局、机关党委、离退休干部局。
山东黄河河务局作为水利部黄河水利委员会在山东省的派出机构，在山东黄河管理范围内依法行使水行政管理职责，是具有行政职能的参公事业单位。在沿黄设有8个市级河务（管理）局，其中黄河河口管理局、东平湖管理局、济南黄河河务局3个单位为副厅（局）级设置，菏泽、聊城、德州、淄博、滨州黄河河务局5个单位为正处级设置；设有30个副处级县局，另有98个管理段作为县局下设机构。省局机关设有14个部门、1个黄委派驻纪检监察机构，还有15个直属单位。
局机关设13个处级职能部门和4个处级直属事业单位（黄河水土保持工程建设局、黄河流域水土保持生态环境监测中心、会计核算中心、黄河服务中心）；5个局属事业单位，其中，晋陕蒙接壤地区水土保持监督局为副厅级单位，驻陕西省榆林市；黄河水土保持天水、西峰、绥德三个治理监督局（科学试验站）和临潼黄河职工疗养院（职工教育培训中心、临潼监测分中心）为处级单位，分别驻甘肃省天水市、庆阳市和陕西省榆林市（绥德局于2014年9月从绥德县辛店乡迁入榆林市）和西安市临潼区。此外，成立了西安规划设计研究院、西安黄河工程监理有限公司、西安黄河环境信息工程有限公司、陕西长河水利工程公司等4家企业。事业编制910名，其中行政执行人员编制135名、公益事业人员编制775名。
黄河水利委员会水文局按照流域特征和业务特点，按三级管理四级机构设置，共有27个单位和部门。局机关设有13个职能部门，水文局纪检监察机构为黄委党组直接管理。同时下设5个局直事业单位（含黄河流域水质监测中心）和3个局直企业。二级机构共有6个，分别是上游、宁蒙、中游、三门峡、河南、山东水文水资源局，6个水文水资源局共下辖17个勘测局（队）。黄河水利委员会水文局人员编制为2420人。截至2022年底，共有在职职工2023人，离退休职工1633人。
经济发展管理局设置4个处（均为正处级）：办公室（人事劳动教育处）、计划财务处、运营开发处、经济管理处。
其中，山东黄河河务局本部位于济南，河南黄河河务局、水文局、经济发展管理局、黄河水利科学研究院等4家单位本部位于郑州，黄河上中游管理局本部位于西安，黑河流域管理局本部位于兰州。
医院现有职工792人，其中卫生技术人员652人，高级专业技术人员125人，医院现有内设机构27个，临床科室33个，医技科室8个
中心机关设有办公室、人事劳动处（党群办公室）、规划计划财务处、信息安全与技术管理处（防汛办公室）、监察审计处（均为正处级）；所属机构设有遥感中心、数据中心、网络中心、通信运行监控中心、通信交换中心、应用系统管理中心（均为正处级）。所属单位设有驻河南省洛阳市的洛阳通信管理处和驻河南省三门峡市的三门峡通信管理处(均为副处级)。现有在职事业职工365人
其中，移民局、机关服务局、黄河中心医院、新闻宣传出版中心、信息中心等5家单位本部位于郑州，山西黄河河务局本部位于山西省运城市，陕西黄河河务局本部位于陕西省渭南市。
现有在职职工近2000人，其中中国工程院院士1人，全国工程勘察设计大师1人、国家“新世纪百千万人才工程”1人、水利部“5151人才工程”部级人选6人，河南省工程勘察设计大师6人，IPMP认证评估师1人，享受国务院特殊津贴专家35人，教授级高工200余人，高级工程师600余人，工程师700余人，各类注册工程师1400余人次
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